Tras la nueva estructura aprobada por el Gobierno, el Ministerio de Educación y Ciencia contará con dos nuevas subdirecciones generales destinadas a gestionar los Programas de Fomento de la Investigación Técnica (PROFIT): la Subdirección General de Programas de Fomento de la Investigación Técnica sobre la Calidad de Vida y la Subdirección General de Programas de Fomento de la Investigación Técnica Sectorial. A partir del año 2005 los elementos de estos programas dedicados al fomento de la innovación industrial se incorporarán al Ministerio de Industria, Comercio y Turismo.
El Real Decreto define, hasta el nivel orgánico de Subdirección General, los órganos y competencias de cada uno de ellos, en coordinación con los correspondientes departamentos ministeriales.
Universidades e investigación
En materia de universidades e investigación, las competencias se ejercen a través de la Secretaría de Estado de Universidades e Investigación, asumiendo la coordinación, programación, promoción y supervisión de las actividades del departamento en este ámbito, tanto a nivel nacional como internacional, concretamente, entre otras:
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La elaboración, gestión, seguimiento y evaluación del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica.
Educación
En materia educativa, las competencias se ejercen a través de la Secretaría General de Educación, asumiendo la superior dirección de las competencias que corresponden al departamento en este ámbito, tanto a nivel nacional como internacional, concretamente, entre otras:
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